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シラバス詳細照会

シラバス詳細照会

  • 講義要項やWebシラバスの記載内容は、登録された受講生の人数や理解度に応じて、授業開始後に変更となる可能性があります。

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授業情報

開講年度 2019年度 開講箇所 先進理工学部
科目名
バイオインフォマティクス演習II

担当教員 竹山 春子/富永 大介/森 一樹
学期曜日時限 集中講義(秋学期)  無その他
科目区分 専門選択 配当年次 3年以上 単位数 1
使用教室   キャンパス 西早稲田(旧大久保)
科目キー 2805023017 科目クラスコード 01
授業で使用する言語 日本語
  コース・コード INFY31ZS
大分野名称 情報学
中分野名称 総合
小分野名称 一般
レベル 上級レベル 授業形態 演習/ゼミ
  オープン科目

シラバス情報

最終更新日時:2019/06/11 19:41:29

副題 生命情報を自在に解析するための計算機実習
授業概要 近年、次世代シークエンサーによって獲得された膨大な生命情報データが蓄積されてきており、その解析は生命科学の研究において、必須となっている。本授業ではその解析手法を開発、応用する学問(バイオインフォマティクス)を理解することが目的である。本演習では次世代シークエンサーによって習得された主要な生命情報データベースを利用しながら、その配列解析を目的とした応用的な手法を習得する。 
本授業はバイオインフォマティクスに関する基本的な内容を扱った「バイオインフォマティクス演習Ⅰ」と並行して受講する事が望まれる。
【教室】 63号館3F Bルーム 火曜日3−4限(13:00-14:30, 14:45-16:15)
授業の到達目標 研究活動における実用的な解析手法の習得を目標として、汎用の統計解析ツールを使った遺伝子発現の解析と次世代シークエンサーによる核酸配列の解析を行う。


DP2 生命科学・医科学研究を推進する際の道具となる物理・化学・数学・情報科学の知識を身につける
事前・事後学習の内容 「理工コンピュータセミナー(http://www3.sci.waseda.ac.jp/tools/seminar/guide.php)などを利用し、Microsoft ExcelおよびWordの基本的な操作を身につけておくこと」
授業計画
1:
第1回 10月1日 遺伝子発現の解析 1-1(富永大介)
マイクロアレイ解析に関する講義1
2:
第2回 10月1日 遺伝子発現の解析 1-2(富永大介)
 Rを用いたマイクロアレイデータのクラスタリング・機能解析・パスウェイ解析(実習)
3:
第3回 10月8日 遺伝子発現の解析 2-1(富永大介)
マイクロアレイ解析に関する講義2
4:
第4回 10月8日 遺伝子発現の解析 2-2(富永大介)
Rを用いたマイクロアレイデータの時系列解析(実習)
5:
第5回 10月15日 核酸配列の解析 1-1(森一樹)
次世代シーケンサーの実データを用いて微生物のゲノム解析(座学)
6:
第6回 10月15日 核酸配列の解析 1-2(森一樹)
次世代シーケンサーの実データを用いて微生物のゲノム解析(実習)
7:
第7回 10月22日 核酸配列の解析 2-1(森一樹)
次世代シーケンサーの実データを用いて遺伝子発現解析(座学)
8:
第8回 10月22日 核酸配列の解析 2-2(森一樹)
次世代シーケンサーの実データを用いて遺伝子発現解析(実習)
教科書 授業にて適宜資料を配布する
参考文献 1) BioConductor の全パッケージのリスト http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/
2) GSE6883
Liu, R., et. al., The “Prognostic Role of a Gene Signature from Tumorigenic Breast- Cancer Cells”, The New England Journal of Medicine, 356(3):217-226 (2007).
de Hoon, M.J.L., et. al., “Open source clustering software”, Bioinformatics, 20(9):1453-1454 (2004). (クラスタリング・ソフトウェア、無料)
3) GDS404
Rudic, R. D., et. al., BMAL1 and CLOCK, “Two Essential Components of the Cir- cadian Clock, are involved in Glucose Homeostasis”, PLoS Biology, 2(11):e377 (2004).
Rudic, R. D., et. at., “Bioinformatic Analysis of Circadian Gene Oscillation in Mouse Aorta”, Circulation, 112(17):2716-2724 (2005). (データは、よく似た別のもの
を使っている)
4) +Lhaca
http://park8.wakwak.com/~app/Lhaca/
デラックス版で TAR ファイル、gz ファイルの解凍が可能(無料)
5) Cygwin
http://www.cygwin.com/
Windows 上に UNIX 環境を構築するソフトウェアパッケージ(無料)
6) HG-U133A
http://www.affymetrix.com/support/technical/annotationfiles- main.affx
7) MAS5
http://www.affymetrix.com/support/downloads/manuals/data_- analysis_fundamentals_manual.pdf (データ解析の解説)
または、R 上で help(mas5) とすると、ごく簡単な説明が表示される
8) The Gene Ontology
http://www.geneontology.org/
http://www.geneontology.org/GO.evidence.shtml
9) Queen Mary University の EC番号の検索サイト
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/EC3/6/3/14.html
成績評価方法
割合 評価基準
レポート: 80% レポート(富永50、森50の割合で評価し、80にスケーリングする)
平常点評価: 20% 出席点
備考・関連URL 窓口教員: 竹山春子(haruko-takeyama@waseda.jp)

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